同学们好
上节课我们介绍了数据库搜索方法
并以新冠病毒spike蛋白为例进行了blast搜索
这节课我们将以maga软件为例
介绍系统进化树的构建方法
我们打开mega软件
首先我们点这个Alignment
and built alignment
creat a new aligment, 新建一条多序列比对
我们比对的是蛋白质序列，就点这里的protein
上节课我们已经使用blast
找到了新冠病毒相关的序列
这里面我们把它全选
然后呢
黏贴到这个
mega软件里面
序列就导进来了
我们需要注意，在这序列最下面
有一个这个sequenc1
这是空的
空的序列，我们必须把它删除
序列就导到这个mega软件里面了
我们可以做alignment
用clustal或者用muscle
那么
这里用muscle进行alignment
这个速度更快一些
过一会，软件就可以把结果给算出来
也可以在下面
用多序列比对软件，比如说clustal,先把这个序列比对好
然后呢，在mega软件，alignment里面
把这个
已经比对好的序列导进来
这里序列比对好了，我们可以看一下
这是比对的结果
这时候我们可以把比对的结果
导出来，存成mega format
就写一个spike
因为是spike蛋白
桌面上就可以看到导出来的比对结果
有了这个比对以后，我们就可以做进化树
在这里面，我们用这个NJ法建树
打开以后，我们在检验上使用
可以使用这个
bootstrap methed, 进行自举检验
那么
次数通常情况在1000次以上
点ok
现在软件正在计算
这里面我们这个数据建好了
可以看一下
要做的这个新冠病毒
spike蛋白
这里
可以看到它跟蝙蝠的
spike蛋白
处在同一个分支下
那么当然，我们这个
tree可以用不同的方式来显示
用环形的
关于mega软件我们就演示到这里
关于mega软件我们就介绍到这里
同学们回去以后可以自行选取序列，练习掌握
这节课就上到这里，同学们下节课再见